Bentinho,
Adicione a data da execução ao nome do arquivo.
Veja uma forma de pegar a data (não gosto muito desta forma porque "acho" que a configuração regional pode atrapalhar, mas na internet é fácil achar outras formas de recuperar a data em arquivos bat).
echo %date%
echo %date:~6,4%
echo %date:~3,2%
echo %date:~0,2%
SET NOVO_NOME="C:\temp\%date:~6,4%%date:~3,2%%date:~0,2%_Arquivo.txt"
echo %NOVO_NOME%
Você vai conseguir ter o arquivo com um nome que não vai subscrever os anteriores e ainda terá uma forma organizada.
Fábio de Paula Junior