Tive um problema desse pois o meu Azure ADSync usava como sourceanchor o atributo mS-DS-ConsistencyGUID
Pra ver se seu caso é igual o meu, Valide se o usuário possui o campo mS-DS-ConsistencyGUID preenchido no AD, e se ele bate com o atributo ObjectGUID. Caso não bata, siga o repassado abaixo:
Desative o sincronismo do Adsync temporariamente pra ele não sincronizar enquanto você mexe
Set-ADSyncScheduler -SyncCycleEnabled $false
Mova o usuário para uma OU que não sincronize, assim o Office 365 fará um soft delete dele (No meu caso movi para a OU Users)
faça um Delta sync (Ele fará o Soft delete o usuário da Azure)
Remova o atributo mS-DS-ConsistencyGUID do usuário via attribute Editor no AD
Restaure o usuário da lixeira da azure (Restore-MsolUser -UserPrincipalName usuario@dominio.com.br)
limpe o immutable ID do usuário: set-msoluser -userprincipalname usuario@dominio.com.br -immutableid "" (Caso haja domínio federado, usando ADFS, você precisará mudar a UPN para o domínio onmicrosoft antes de alterar o immutable ID e depois voltar
para o domínio federado, senão dará erro).
Insira o immutableid do usuário a ser sincronizado (Basicamente pegue o objectguid do usuário do ad, converta usando o powershell guid2immutableid.ps1 que você acha pesquisando no google e inserindo através do comando set-msoluser -userprincipalname
usuario@dominio.com.br -immutableid "immutableid")
Mova o usuário com problema de volta para a OU de origem
faça o delta sync
ative a sincronização automática novamente Set-ADSyncScheduler -SyncCycleEnabled $True
