Boa tarde Antônio,
esse tipo de problema geralmente está atrelado a erros no serviço, ou a sobrecarga no TS Server.
Como vc a princípio já validou isso, confirme se o TS Server está com todos os hotfixes instalados, e valide mais uma vez os logs do Event Viewer. Não necessiariamente deve ser mostrado um erro, pode ter apenas um Warning mas
que já é um idicativo para nós de qual é o problema.
Outra coisa, desative temporariamente as GPO s que estejam sendo aplicadas a esse servidor de TS ou aos usuários que loguem nele e veja se o problema pára de ocorrer. Uma GPO de logon, ou uma GPO fora do modo Fast com uma grande carga de processamento,
pode também gerar demora no logon, não nessa escala que vc citou, mas é um ponto a se verificar.
Att,
Fabiano Barreira
MCP + MCDST + MCSA & MCSE on Windows Server 2003 + MCTS + MCITP