Olá Bruno, boa tarde.
Qual versão do Outlook você utiliza? 2007? 2010? 2013?
Você utiliza alguma regra que realiza essa ação de mover seus emails para outra pasta? Se sim, uma opção seria rever os critérios utilizados nesta regra.
Se utilizar a versão do Outlook 2007 este material de referência resume as informações sobre as regras.
http://office.microsoft.com/pt-br/outlook-help/gerenciar-mensagens-usando-regras-HA010096803.aspx
Quando você diz que as notificações chegam a caixa de entrada isso é relacionado ao seu Outlook ou é a confirmação de leitura do email de um email enviado?
Se for este o problema tente rever as configurações de confirmação de leitura o material de referência sobre a configuração, você encontra neste endereço:
http://office.microsoft.com/pt-br/outlook-help/ativar-ou-desativar-alertas-da-area-de-trabalho-HA010098670.aspx
Espero ter ajudado.
Hezequias Vasconcelos
