No caso do ftp não tem como bloquear via content type mesmo.
Vc poderia bloquear todo o acesso ao ftp e criar outra regra que libere o acesso ftp somente a servidores permitidos pela empresa. Isso dá muito mais trabalho mas é mais seguro.
Vc poderia tbem bloquear download de arquivos via diretiva de sistema (GPO) alterando o comportamento do ie. Só que no caso de gpo vc nao pode escolher o tipo de conteúdo que vai proibir o download.
Sds,
