Olá Felipe,
Blz cara?
Sobre iniciar um fluxo via linha de comando (STSADM) não existe a possibilidade, você pode conferir no link abaixo a lista de operações e propriedades permitidas pelo STSADM:
Index for Stsadm operations and properties
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc288413.aspx
No caso do Schedule, exatamente qual comando você vai solicitar que ele execute? Para esse tipo de solução creio que você pode utilizar o Sharepoint Timer Job, fica mais bonitinho.... 
Creating Custom SharePoint Timer Jobs
http://www.andrewconnell.com/blog/articles/CreatingCustomSharePointTimerJobs.aspx
Bom cara, espero ter ajudado, qualquer dúvida posta ai.
Abraços!
Wagner M. Amorim
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