Olá Leandro, tudo bem?
Conforme você mesmo comentou os discos AVHDX estão associados aos snapshots criados. Os snapshots podem sim ser excluídos, bem como os arquivos AVHDX. Porém este é um procedimento que exige cautela e prévio estudo, pois pode trazer impactos indesejáveis
pra você, certo?
Sempre que preciso de algo relacionado ao Hyper-V do uma olhada no Blog no MSDN do gerente do produto, Ben Armstrong. Encontrei este artigo que pode lhe ser útil:
http://blogs.msdn.com/b/virtual_pc_guy/archive/2009/04/15/what-happens-when-i-delete-a-snapshot-hyper-v.aspx
Está em inglês, porém o bing pode traduzir em português para você com a própria ferramenta do fórum.
Um abraço!