Vinivirtus,
Independente da utilização do Nagios, se seus file server estiver com o R2 você pode utilizar o software de cota do próprio Server 2003 o
File Server Management . Observe que você não precisa especificar cotas hard (negando gravação para os usuários após exceder um determinado tamanho), você pode configurar a chamada cota Soft que
irá lhe enviar um e-mail, por exemplo, quando um usuário atingir determinado tamanho de espaço utilizado.
Nos links abaixo você encontra um passo a passo de como instalar o configurar o File Server Management:
http://technet.microsoft.com/pt-br/library/cc716516.aspx
http://blogdonerd.com.br/2010/10/configurando-cotas-em-pastas-no-windows-server-2003-r2-e-2008/
http://www.linhadecodigo.com.br/artigo/1292/implementando-cotas-de-disco-no-windows-server-2003-r2.aspx
Outro link que pode lhe ser útil.
http://imasters.com.br/artigo/5422/servidores_windows/aumentando_e_controlando_servidores_com_o_fsrm/
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Elmo Baraúna (MCP - MCDST - MCSA - MCT)