Elton, com apenas três linhas você consegue mudar os atributos da pasta para que ela se torne oculta.
set Fso = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
set file = Fso.GetFolder("C:\Pasta") ' aqui você coloca o caminho para a sua pasta.
file.attributes = file.attributes xor 2
No link abaixo você pode encontrar mais informações para criar seus próprios scripts.
http://www.microsoft.com/technet/scriptcenter/guide/sas_scr_elex.mspx?mfr=true
Abraços
