Насколько я знаю, c исходящими сообщениями GFI может делать всего две вещи (что касается антиспамовской части): добавлять адреса получателей в whitelist и добавлять сами исходящие письма в базу HAM. Попробуйте отключить, к примеру, "Automatically learn from outbound email-s" в свойствах Bayesian Analysis - посмотрите будет ли какой-либо эффект. Еще было бы неплохо проверить корректность настройки DNS.
Попробуйте поискать аналогичную проблему здесь: http://forums.gfi.com/default.aspx. У GFI периодически быват, мягко говоря, странное поведение - один раз у меня встала в очередь вообще вся входящая почта - вылечилось, насколько я помню, переустановкой GFI.
P. S. А вы уверены, что эти 2500 писем стоят в очереди из-за того, что проверяются GFI? Может быть это NDR-ы на спам посланный несуществующим пользователям с несуществующих адресов (http://forums.microsoft.com/TechNet-RU/ShowPost.aspx?PostID=995671&SiteID=40), а GFI вообще здесь ни при чем? ;-)
