Проверьте вручную web.conf для Lync Server External Web Site
Если все установили правильно, то должно быть вот такое правильно
<rule name="autodiscover rule 1" enabled="true" stopProcessing="true">
<match url="(.*)" />
<conditions logicalGrouping="MatchAll">
<add input="{HTTP_HOST}" pattern=".*lyncdiscover.*" />
<add input="{REQUEST_URI}" pattern="Autodiscover/AutodiscoverService.svc/root" negate="true" />
</conditions>
<action type="Rewrite" url="Autodiscover/AutodiscoverService.svc/root" />
</rule>
