Думаю, что никак. Типы контента задаются на уровне списка.
Либо из папок делать разные списки/библиотеки документов и на них вешать разные контент тайпы. Либо писать ивент ресивер, который при создании будет выдавать ошибку, если элемент с определенным типом создается не в той папке
