У меня БД лежит на кластере SQL. Сам CRM сервак - на 2 машинах в NLB. Я спокойно могу ковырять/перегружать/выключать поочередно ноды и все замечательно работает, даже сервисы интеграции с другими системами, которые долбят сервак постоянно. Главное везде
все настраивать на адрес NLB, а не на 1 из нод.
А проблемы с IIS, если такие существуют, лучше всего решать перестановкой оси. Ибо если он внезапно вырубается - это не есть гуд. У меня серваки не перегружаются по 3-4 месяца, и все ОК. w3wp отжирает свои 1-2 Гб и маслает тихонечко.
Есть только мониторинг серваков на SCOM и собственно все.