Добрый день,
нет особых принципиальных отличий нет, как вы уже отметили, отличаются набором активированных фич. Можете проверить - создать пустой сайт и довести его функционал, например, до сайта рабочей группы. Есть некоторые тонкости в сайтах BI,
но когда вы до них дойдете уже будете знать.
Кроме того, шаблон сайта содержит определения столбцов и списков, которые разворачиваются на сайте, созданном на основе шаблона, а также может содержать данные.
выделить принципиальные отличия в шаблонах и созданных на их основе сайтов
Можно, но не при работе через UI, а при программной работе с сайтами.