После какого-то исправления, а может, и с самого начала, точно не знаю, при попытке сохранения файлов с русскими именами в ряде случаев (я это наблюдал при онлайновом входе на почту яндекса) ИЕ "глотал" русские буквы, оставляя в имени только символы из младшей половины ASCII. В прошлом году я отправил разработчикам ИЕ сообщение об ошибке. Вначале они сделали именно то, что, как я понял, Вы описали (вместо русских букв подставлялся двухбайтовый код), потом подправили окончательно. Но, раз у Вас это наблюдается, то, похоже, на каком-то этапе исправление откатилось назад.
Укажите максимально подробно, на каких версиях ОС и ИЕ наблюдаете, я постараюсь проверить и еще раз отправить сообщение.
