Уточните, войти не может пользователь, который уже регистрировался в этом филиале, или совсем новый пользователь?
В первом случае смотрите, на каком КД он аутентифицируется при наличии связи с филиалом, и если не на КД филиала, то почему (т.е. как определены сайты).
Во втором - это так задумано, пароль (если он не был реплицирован предварительно, как вы написали) реплицируется по факту регистрации на RODC.
Слава России!
