1 смотреть настройки программы, в т.ч. в реестре, и в автозагрузки
2 отключить трей как таковой у пользователей (Конф. пользователя - Адм. шаблоны - Панель задач - Скрыть область уведомлений)
3 скрывать значки. Управлять скрытием определённых значков не получится, но может быть получится раздавать преднастроенный ключ реестра пользователя у которого настроено скрытие нужных значков HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\TrayNotify
