вы берете имеющийся сайт проекта, делаете в нем структуру папок, загружаете в них документы. после этого сохраняете сайт как шаблон.
после этого в разделе типы корпоративных проетков привязываете сохраненный шаблон к типу проекта, на основании которого вы создаете проект.
вуаля
п.с. важно шаблон сохранить именно на основании имеющегося сайта проекта. создание нового сайта для шаблона ни к чему не приведет