Спасибо. Пробовал, но я не хочу использовать user object скриптов.
Кстати, странная вещь. Похоже, что, вопреки MS-овской документации, user object скрипт выполняется не последним, а первым. Т.к. когда ставил скрипт через Profile учетки, то отрабатывалось вообще идеально: программа из startup-а подгружаться не успевала и скрипту не приходилось выгружать\загружать приложение. И к моменту, когда из стартапа запускалась программа, она уже имела нужные настройки.
Попробую дополнительно к требованию синхронного выполнения логон-скриптов в политике компьютеров включить это требование и в политике пользователей. И попробую, как ведет себя политика "Run these programs at user logon"
