ну сами по себе сертификаты не пропадают, так что либо не там проверяешь (хранилища есть у каждого пользователя, у машины и сервисов), либо кто то их удаляет (другой человек или вирус).проверяй внимательно логи, особенно secutity
То что сертификаты сами не пропадают - это понятно... Конкретный случай с Lync'ом: 10.09 в 22:34 начинают сыпаться логи ASP.NET, параллельно Lync начинает ругаться на отсутствие сертификата в транспорте. Смотрю в "личные сертификаты" для "локальный
компьютер", где они собственно и должны быть - пусто (только самоподписный и сертификат от SCCM 2012).
На серваке стоит SystemCenter EndPointProtection 2012, определения актуальны.
В журналах безопасности в этот период времени (+/- полчаса) есть только подключения от LYNC$ и SCCM$ и все успешны. В других журналах так же ничего криминального не обнаружил.