Проблему решил.
- Прав системы почему-то было недостаточно для запуска скриптов, они просто не выполнялись, но на выходе всё равно был 0(создал учётку)
- Версия Powershell установленная в системе это не та версия в которой будет выполняться ваш скрипт.
Вот вывод команды host выполненной в powershell.exe
Name : ConsoleHost
Version : 5.1.14393.3866
InstanceId : 2c3777a5-8d4c-4c77-83d4-40cb39d21974
UI : System.Management.Automation.Internal.Host.InternalHostUserInterface
CurrentCulture : ru-RU
CurrentUICulture : en-US
PrivateData : Microsoft.PowerShell.ConsoleHost+ConsoleColorProxy
DebuggerEnabled : True
IsRunspacePushed : False
Runspace : System.Management.Automation.Runspaces.LocalRunspace
А вот вывод той же команды выполненной через sql Agent
Name : Default Host
Version : 2.0
InstanceId : 33c2c08d-f20f-4a9c-a918-675dbf406aec
UI : System.Management.Automation.Internal.Host.InternalHostUserInterface
CurrentCulture : en-US
CurrentUICulture : en-US
PrivateData :
IsRunspacePushed :
Runspace :
Соотвтественно пришлось переточить скрипт под 2.0 и всё взлетело.
Осталось понять как обновить младший инстанс Powershell и как добавить в него модули, но это уже совсем другая история.