Сертификаты - не проблема, но они я так понимаю нужны уже на этапе установки соединения и агента. Но как там можно добавить левые хосты, показать SCE серверу что есть такая вот машинка вне домена. Или там изменили визард добавления машин, он теперь не только по AD ищет?