Стандартно такая задача решается путем публикации приложения не терминальном сервере. Тогда пользователь получает на рабочем столе интерфейс приложения, но не имеет доступа к файлам. Терминальные службы Windows не позволяют опубликовать приложение в seamless-окне, однако проблема решается, если использовать Citrix Presentation Server или ряд других продуктов. Тогда вообще исчезают визуальные различия между локальным и опубликованным приложениями.
Другой вариант - применение виртуальных машин. Используя продукт VMWare Ace, вы можете зашифровать файлы виртуальной машины, а также привязать виртуальные машины к заданным компьютерам. Скопированная виртуальная машина не запустится на другом не оговоренном компьютере.
