На мой взгляд есть 2 основных различия:
1) В случае установки SP3 поверх Windows SP1 он может быть деинсталлировани из системы (http://support.microsoft.com/kb/950249/en-us). В случае интегрированного сервис пака его нельзя будет удалить.
2) В случае установки SP3 поверх Windows XP SP1 лецинзионное соглашение с пользователем состоит из оригинальной EULA для SP1 и дополнения SP3, в результате EULA в некоторых деталях отличается от EULA Windows XP SP3
http://www.itcommunity.ru/blogs/alifatov/