Апгрейд боевого сервера - то мероприятие, к которому стоит подойти максимально серьезно. Я бы на вашем месте поднял копию своего домена на виртуалках, поднял бы там бекап СМС в конфигурации максимально приближенной к боевой - и потестировал. А после отработки маршрута миграции - задокументировал бы этот "рецепт", снял бы полный бекап сервера, чтобы в случае чего была возможность откатиться, и приступил к миграции в нерабочие часы, чтобы исключить проблемы из-за нагрузки.
По идее самая большая проблема - та, что перед апгрейдом надо сносить все feature-паки, то есть если у вас на СМС завязана, скажем, разливка образов рабочих станций - надо четко себе представлять, как вы вернете все в рабочее состояние после установки SCCM.
