ДНС сервер может быть только один на одном сервере.
зоны ДНС интеллектом сами по себе не обладают
, нужен ДНС сервер.
ДНС сервер естественно будет знать об обоих зонах и это значит, что клиент использующий этот ДНС при разрешении имен в IP сможет использовать инфо об этих 2-х зонах.
отсюда ответ: зоны знать друг о друге не будут. сервер ДНС будет знать о них ВСЕ. 
излишняя краткость. поясните вопрос подробнее
может я чего не понял...