您好
如果您原來的主機是安裝windows server 2012後並啟用hyper-v 功能,這樣要升級地升級(In-Place Upgrade)成windows server 2012 R2 是沒有問題的,基本上原來的VM設定應部會跑掉,但是建議再做升級動作前所有的VM還是要先備份。當OS升級完畢後VM的整合服務也要做升級。
如果本來安裝的是 Hyper-V Server 2012(也就是類似server core 只有hyper-v功能的)應該是無法升級到windows server 2012R2,所以您還是必須要將VM備份然後重新完整安裝windows server 2012R2 後,再將VM還原
以上提供您參考
升級地升級可以參考 https://technet.microsoft.com/zh-tw/library/dn782864