Apesar de possuírem semelhanças, SEQUENCE e IDENTITY são diferentes em vários aspectos. Vamos abordar algumas condições que podem ajudar na sua decisão de qual utilizar em suas tabelas.

Os objetos SEQUENCE são independentes à tabela(s), podem ter seu valor atualizado e ser consultado sempre que for necessário sem a necessidade de declarar sua tabela vinculada e/ou campo que recebe seu conteúdo.  

O contrário ocorre com o IDENTITY, que é uma propriedade de uma determinada coluna e que deve ser indicada no momento da sua criação ou alteração dentro da tabela.

SEQUENCE pode fornecer um novo valor antes mesmo de inserir um registro na sua tabela vinculada, diferente do IDENTITY, onde para obter um novo valor é necessário executar o comando INSERT ou uma consulta com a função agregada MAX (acrescentado do valor 1) referenciando a coluna da tabela.

Com o IDENTITY não podemos gerar novos valores em uma instrução UPDATE, enquanto que com SEQUENCE é possível.

A propriedade IDENTITY possibilita definir o número inicial e como será o seu incremento a cada novo registro adicionado na tabela. Já o objeto SEQUENCE permite que seja controlado, definindo um tamanho inicial, um mínimo e máximo, se este objeto deve ser cíclico, permitindo a reutilização de valores, e até, possibilitando aumentar o desempenho das consultas armazenando parte de seu conteúdo em cache (pode ocorrer perda de dados caso seja utilizada).

SEQUENCE possibilita manter valores sequenciais em uma transação, utilizando para isso a procedure SP_SEQUENCE_GET_RANGE, retornando um intervalo de valores, com IDENTITY isto não é possível por só podermos reservar na transação o valor atual.

Em ambos, é necessário definir se os valores são exclusivos através de
constraints como PRIMARY KEY ou UNIQUE. Também não fazem parte de declarações ANSI SQL e são suportadas em apenas algumas versões do SQL Server: IDENTITY à partir do SQL Server 6.0 (compatibilidade 60) e o SEQUENCE à partir do SQL Server 2012 (compatibilidade 110).

Existem diversas outras funções que complementam o uso tanto do SEQUENCE como do IDENTITY . Espero que este conteúdo possa ajudar você a definir melhor qual destas opções se encaixa às necessidades de sua solução.